Los programas de Maestría en Ciencias y Tecnología de Alimentos y de Doctorado en Ciencias de los Alimentos buscan formar recursos humanos de excelente nivel, capaces de realizar investigación original e independiente que represente avances significativos en el campo de las Ciencias de los Alimentos, y que sean capaces de participar en el diseño de nuevas estrategias para resolver problemas relacionados con la alimentación humana. Los planes de estudios están centrados en el aprendizaje bajo un sistema de tutorías y cuenta con una malla curricular flexible e interdisciplinaria enfocada a desarrollar el talento creativo e innovador de sus estudiantes.

Ambos programas están orientados al cumplimiento de la visión institucional de la Universidad de Sonora, la cual ha tenido como principal preocupación y compromiso con la sociedad el formar recursos humanos del más alto nivel, para así satisfacer las demandas de los sectores sociales, productivos y gubernamentales. Asimismo, atienden los Programas Nacionales Estratégicos de Soberanía alimentaria y Salud, establecidos por el CONACyT e identificados como prioritarios en múltiples estudios y foros, y cuyos objetivos coinciden con aquellos propios del Desarrollo Sostenible planteados por la Organización de las Naciones Unidas en su agenda 2030.

Ambos programas pertenecen al Padrón del Programa Nacional de Posgrados de Calidad, hoy Sistema Nacional de Posgrados, del CONACyT. El programa de maestría recibió el reconocimiento de Competencia Internacional en el 2020 y el de doctorado cuenta con el reconocimiento como posgrado Consolidado. A la fecha, han egresado un total de 234 maestros y 52 doctores.